实验室主要分布在大木博士研究所和红莲岛的宝可梦大宅。大木博士研究所位于真新镇，这里是咱们冒险开始的地方。进入研究所后，记得先检查电脑，可以免费拿到伤药。选择初始精灵后，对手小茂会立刻发起挑战，打赢他就能正式出发。穿过1号道路到达常磐市，商店里有个包裹需要咱们送回研究所，完成这个任务后大木博士会赠送宝可梦图鉴。
红莲岛的宝可梦大宅也是个重要实验室，需要先获得船票才能前往。在枯叶市码头出示船票登船，在船长室帮船长按摩后背就能拿到关键道具居合斩。有了居合斩就能砍断挡路的小树，继续推进剧情。到达红莲岛后，往左走就能看到宝可梦大宅，这里三楼有关于超梦的重要线索。如果咱们带着化石过来，可以交给这里的科学家帮忙复活。
七之岛上也有几个隐藏实验室值得探索。完成主线剧情后，咱们可以坐船前往七之岛，在四岛右上角的山洞里能找到被火箭队占领的实验室。这里需要先解决挡路的训练家，然后进入遗迹洞穴。六岛的树果森林里藏着变化洞穴，虽然看起来空荡荡的，但能触发特殊剧情。记得带上会冲浪和攀瀑的精灵，方便在岛屿间移动。
华蓝洞窟是后期重要地点，需要先获得彩虹徽章才能进入。洞窟最深处藏着超梦，建议带上会闪光术的精灵照明。在双子岛实验室能遇到急冻鸟，记得用岩石堵住瀑布改变水流方向。无人发电厂深处藏着闪电鸟，而火焰鸟则在1号岛的灯火山顶等着咱们。这些神兽所特殊区域，某种程度上也算隐藏实验室。
在月见山实验室选择化石时，左边是镰刀盔右边是菊石兽，根据队伍需求决定。彩虹大厦楼顶能拿到伊布，从后门进入更方便。希鲁夫公司大楼也是个特殊实验室，打败火箭队后能获得大师球。记得经常检查背包里的钥匙道具，很多实验室大门需要特定物品才能开启。
