探索口袋妖怪火红石之洞窟需要掌握潜水技能和关键道具的获取顺序。首先确保队伍中至少有一只精灵已学会潜水技能，这是进入海底洞窟的必要条件。在127号水路使用潜水技能后，需找到带有潜水艇的小洞入口。进入小洞后再次使用潜水技能上浮，会看到一个山洞入口。进入山洞后需注意分叉路的选择，优先选择右侧通道持续前进，这是通往石之洞窟核心区域的关键路径。过程中建议携带会闪光术的精灵以应对黑暗环境，同时准备足够的伤药和解毒剂应对野生精灵的袭击。
进入石之洞窟后需特别注意地形结构和特殊机关。洞窟内部分区域需要利用马赫自行车通过加速坡道，这类地形一旦中途停顿就会坠落，必须保持全程冲刺状态。第二层需要使用闪光术照明，在滑坡分叉处选择右转直行可找到通往第三层的楼梯。部分区域设有岩石障碍，需提前让精灵掌握碎岩技能。洞窟深处存在需要推动岩石解谜的机关，建议按照右-上-下-下-右-左-下-左的固定顺序操作，这种排列方式能有效打开隐藏通道。探索过程中建议随时保存游戏进度，避免因意外战斗失败导致进度丢失。
石之洞窟的精灵捕捉策略需要根据区域特性调整。洞窟内主要栖息岩石系和地面系精灵如卡拉卡拉、大岩蛇等，建议携带水系或草系技能进行克制。在深层区域可能遭遇特殊精灵如铝钢龙（90级）和烈空座（90级），这些高等级精灵需要提前准备高级球和状态异常技能。使用喷雾剂可减少野生精灵遭遇率，但会错过毒蔷薇等稀有精灵的捕捉机会，该精灵有概率携带光之石道具。战斗时注意保持精灵血量健康，洞窟内训练家多为格斗系专精，其精灵等级普遍在80级以上。
完成石之洞窟主线任务需要与大吾对话交付信件，这是触发后续剧情的关键节点。在洞窟最深处找到大吾后，他会赠送秘传技能机器08闪光术，该技能不仅能照亮洞窟，还是后续探索其他洞穴的必备技能。任务完成后返回武斗镇可获得破钓竿道具，用于在周边海域捕捉鲤鱼王等水系精灵。若已收集森林模块并满足20天游戏时长条件，可在沼泽地形遭遇毒蔷薇获取光之石。洞窟内隐藏的波士可多拉石和化石翼龙石等进化道具需要反复探索特定区域才能获取。
